在杜牙根開始前， 醫生會為病人進行局部麻醉， 確保進行杜牙根的過程 病人不會感到任何痛處。但有小部分病人由於牙髓發炎非常嚴重，引致麻醉藥不能有效作用，過程依然會有一定程度痛楚。醫生會因應情況使用不同的麻醉技巧達致麻醉效果才開始杜牙根。
杜牙根的程序： 完成麻醉後， 醫生便會開始移除牙髓組織。為牙齒根管進行消炎清潔。過程所需時間因應牙齒的根管數目以及位置而有不同。一般而言，前牙以及小臼齒需時約15分鐘內。大牙便需要15-30分鐘左右。
完成第一次杜牙根治療後，醫生會在根管內放入消炎藥。當病人覆診時，經醫生檢查後 如已經沒有痛處，康復情況理想，醫生便會填封根管，以及修補牙齒，避免細菌再次感染牙根。 而如果牙根康復情況不理想，醫生便會再次為牙根進行消炎清潔。等待牙齒消炎康復完成後 再進行填封牙根。
